L’anatomopathologie au service de la lutte contre le cancer

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Pr Jean Yves BLAY Directeur général du Centre Léon Bérard

Hausse de la capacité de stockage de données, meilleure complémentarité entre l’équipe informatique et la médecine, répondre aux attentes des patients… Ce sont les défis auxquels se confrontent le Centre de Lutte contre le Cancer Léon Bérard de Lyon. L’étude des lames numérisées, très gourmandes en données de santé, exige des moyens plus conséquents et des solutions informatiques adaptées à son augmentation constante.

Reportage sur le CLCC de Lyon – YouTube

Le diagnostic de cancer rare …

Françoise Galateau Sallé, responsable du service Anatomie et Cytologie Pathologiques, s’occupe d’un réseau de cancers rares. Parmi eux, le mésothéliome. Il s’agit d’une forme de cancer très spécifique provoquée en partie par l’exposition à l’amiante. Encore majoritairement méconnue des services d’oncologie, le diagnostic d’une telle pathologie n’en est qu’à ses balbutiements. C’est ici que l’Intelligence Artificielle intervient. « Le pathologiste va savoir désormais quelle pathologie est associée à quelle mutation pour les formes que nous ne connaissons pas encore. C’est ainsi qu’une thérapie ciblée pourra rentrer en jeu » assure Françoise Galateau Sallé.

Près de 150 000 lames sont numérisées chaque année pour une lecture sur écran. « Nous disposons d’une capacité de données de 25 000 patients. Environ 1 350 patients se connectent à l’année et on enregistre 200 invitations par patient ». Il y a une facilité désormais pour échanger les données et bénéficier d’avis d’experts. Une plus-value non-négligeable pour les maladies rares.

 

… doit bénéficier d’un support de stockage plus évolué …

La digitalisation croissante et accélérée des lames fait appel à une meilleure puissance de calcul. Le passage en « mode routine » est devenu la norme dans le Centre Léon Bérard. « Stocker ses lames, cela devient lourd, prévient Françoise Galateau Sallé. Chacune fait à peu près 2 Giga-octets et nous disposons actuellement de serveurs qui peuvent contenir 30 Téraoctets. » L’établissement a ainsi changé de support de stockage SAN vers une solution DELL Technologies.

« Nous avons pu atteindre une volumétrie plus importante de l’ordre des pétatoctets de données pour pouvoir stocker toutes les lames. » Franck Mestre, responsable infrastructure et RSSI, a ainsi résolu les problèmes de stockage et aussi les problèmes de performance des serveurs. L’Intelligence Artificielle a ainsi rejoint l’anatomopathologie avec des ressources suffisamment évoluées et une image de meilleure qualité, indispensable pour le diagnostic de cancer comme le mésothéliome.

 

… et ainsi favoriser l’émergence de nouveaux projets sur de tels cancers

Plusieurs projets sont à l’étude avec une telle quantité de données. Hugo Crochet, responsable exploitation et Intelligence Artificielle, salue l’évolution au profit des professionnels. « Pendant 20 ans, les pathologistes observaient les lames mais ne pouvaient pas les interpréter. Ils ne pensaient pas que cela pouvait avoir un impact sur le diagnostic ». L’apport de l’Intelligence Artificielle dans le diagnostic permet de compléter les connaissances humaines grâce à des algorithmes qui identifient des zones d’intérêts, étudiées sans résultats par les pathologistes. « La machine-learning est meilleure ici que l’homme car il classifie mieux le patient » ajoute Hugo Crochet. Ce projet a été publié dans revue scientifique Nature Medicine.

Cette digitalisation a permis la constitution d’une plateforme génomique, la plateforme AURAGEN. Le but est simple : rassembler suffisamment de données pour adapter au mieux la prescription médicamenteuse et la pri

se en charge du patient. « Traiter au mieux les patients, ce n’est pas nouveau mais depuis les avancées sur le génome, on est capable de séquencer le génome pour un prix raisonnable » explique Damien Sanlaville, praticien hospitalier et chef du service de la génétique. Un coût raisonnable et une meilleure gestion du patient : les visées de la plateforme AURAGEN sont atteintes en ces débuts.

Pas moins de 18 000 génomes par an dans un premier temps et près de 200 000 dans un second temps. Des chiffres vertigineux qui pousse ainsi le stockage de données à ses limites. Avec de telles données, Jean-Yves Blay, directeur général du CLCC Léon Bérard, souhaite promouvoir « une solution qui devienne nationale avec des outils qui soient déjà à disposition des médecins. Les mégadonnées obtenues permettront de tracer la thérapeutique du futur ».

C’est pour cela que la cohérence a été choisi comme modèle de stockage. De nombreux enjeux techniques sont à ré

soudre en contrepartie tout comme l’homogénéité des solutions apportées. « Le choix de départ de la cohérence est avant tout la continuité du stockage et des serveurs de données » insiste Francis Mestre. Face à des limites de stockage toujours plus repoussées, responsables d’infrastructures et professionnels de santé travaillent ensemble pour optimiser le système.

Emmanuel CANES : Healthcare Field Director

Guillaume MALINEAU

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